科學管理：持續推進專業化重組
制度建設初步完成后，中國石化便著手推進各項改革。
上市初期，針對產業、布局、管理等較為分散的狀況，中國石化積極推進內部改革和專業化重組，對生產力要素進行整合。
2002年5月，中國石化在成立潤滑油分公司，全面整合公司所屬潤滑油業務及品牌，經過兩年的努力，中國石化旗下所有潤滑油產品統一成“長城”牌，新“長城”逐步成為我國本土潤滑油市場的旗艦。
2004年12月，中國石化成立催化劑分公司，經過先后三批次專業化重組，13家催化劑生產經營單位實現集中統一管理。重組后的催化劑業務釋放出強大合力，產銷量雙雙突破10萬噸，產品出口至20多個國家和地區，品牌知名度和企業影響力顯著提升。
2005年重組成立化工銷售分公司，全面啟動了化工營銷體制改革，建立了以直銷為主，直銷和分銷相結合的營銷網絡，市場開拓、物流、資源配置、品牌戰略實現優化。
2010年，中國石化重組成立燃料油分公司，發揮集團化管理和集約化經營優勢，統籌國內國際兩個市場，引起社會廣泛關注。
通過持續改革和重組業務流程，中國石化實現了科學管理，有效提升了管理水平和企業競爭力。
打造中國石化特色管理模式
上市以來，中國石化通過持續的改革、調整，精簡機構，壓扁管理層次，不斷完善管理體制和機制，推進一體化、標準化、流程化、信息化等管理創新，探索中國石化特色管理模式。
2001年前后，美國安然公司、世通公司因虛假賬目等問題宣布破產。為提高上市公司治理水平，保護投資者利益，2002年7月美國頒布了《薩班斯—奧克斯法案》，要求在美國上市的公司承諾對其披露的財務報告真實性負責。
2003年開始，中國石化開始建立和試行了內部控制制度，涵蓋投資、采購、銷售等59個業務流程，1331個控制點，并于2005年1月1日起正式實施。同時，公司每年對內控制度的執行情況進行全面檢查和評估，進一步修訂和完善內控制度，為有效規避經營風險和科學管理打下了良好基礎。
中國石化建成了覆蓋總部和所有分子公司的ERP系統，實現了內部財務、計劃、銷售、采購等信息的集成和共享，提高了數據的實時性、準確性。依靠系統實時獲取信息、實時處理信息、實時發布信息，工作效率大幅提高。
自2000年8月物資采購電子商務系統正式投運以來，中國石化網上交易規模累計突破7000億元，已經成為國內最大的B to B電子商務網站，同時，公司還積極推進資金集中管理，最大化資金調控能力、提高了資金使用效率、降低了財務風險。
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